据不完全估计，仅见诸王室账簿的源于教会的收入，在1045年威廉加冕英格兰国王时为400镑，但仅仅在威廉对英格兰教会进行改革后的1047年最后一个季度，王室收入中源于教会的收入就已经已达5700镑，预计未来1048年全年这笔教会收入则能激增至24000镑。

1048年8月，教皇的干涉如期而至，新任教皇克达马苏二世派使节申斥威廉的残暴行进，任命埃德里克为坎特伯雷大主教，不承认威廉任命的坎特伯雷大主教赫尔曼，同时教皇还任命逃亡罗马的约克大主教为红衣大主教。

实际上，此时的教、俗权冲突，在很大程度上是英国封建王权与罗马教廷争夺英国教会统治权的交锋，英国教会贵族在矛盾激化时基本上未与国王正面对抗。

1048年8月9日，神圣罗马帝国皇帝亨利三世的表兄弟、诺德高伯爵和德意志主教布鲁诺在亨利三世的帮助下登上了圣伯多禄的御座，继任教皇，称利奥九世。

和两个前任一样的德国人，利奥九世在位五年，是克吕尼运动的强力支持者，正因为他有改革的热诚，才被皇帝指派为教皇。

他下令改组教廷，高级神职人员均由克吕尼派僧侣担任，要求各级教士实行严格的独身制，防止教产转移到俗人手中，宣布所有教产都属于教皇，应向罗马教廷纳税。

作为一位狂热的克吕尼派僧侣，威廉强行收回教会财产、废除教区、征收什一税和任免教职的行径自然受到了利奥九世的敌视。

1048年，教皇利奥九世颁布“禁教令”，禁止在英举行有关宗教仪礼后，一些英国主教即逃往苏格兰和欧洲大陆，使民众正常的宗教生活颇受影响。

不过，英国的教务活动并未完全停止，此时威廉还“选举”出齐彻斯特、埃克塞特、林肯、利克菲尔德等4个教区的新主教。

同时，作为威廉的亲信，萨瑟克主教希尔维斯特、阿宾登主教弗朗特、圣保罗主教怀蒙特等诺曼人主教们都是威廉王的重要朝臣，他们频繁参与国政。

随后威廉频繁废除各郡盎格鲁萨克逊人主教，同时任命诺曼人教士为各地主教神父，掌管各郡堂区修道院。

随着威廉宗教改革的不断深入，英格兰王国境内大部分教区主教、堂区和修道院都已经被威廉任命的诺曼人主教、教士们所控制，原本由英格兰教会征收的什一税也源源不断地汇入威廉的王室金库中。